有机物料破碎、搅拌均匀后，进入发酵过程。根据工艺要求，在发酵过程中，目的是使有机物在有氧发酵过程中，微生物能获得足够的氧气，控制发酵温度，释放水分等，因此，一般的堆放设备需要具有上述功能。目前，堆放堆放形式主要为堆放式和槽式。针对这两种类型，我国开发了各种类型的有机肥料堆放设备，具有各自的特点。工厂建设时，根据堆肥材料的特点和生产工艺要求、场地规模、投资规模，选择堆放机更合理。

       槽式发酵一般是在水泥地面上建造间隔墙（为保温，北方也建造了下沉坑），在间隔墙顶部铺设导轨，在导轨上行走，并设有换轨机构，可从一个槽移动到另一个槽。槽的深度从0.7米到2.5米不等，有的在槽底铺设通风管，以增加通风量。槽式翻抛机具有处理量大、占地面积小、操作简单、无人驾驶等优点，特别适用于需要密封处理和环境控制的企业。废气可集中处理，可用于大、中、小型有机肥厂，但由于槽的建设，发酵场固定，有一定的局限性，透气性不如堆垛好。目前，一些槽式堆垛机深度大于1.5米，一般设计有氧气装置，可以提高透气性，这是一个很好的改进。

       对于污水处理厂的污泥、滤泥等粘性或胶体污泥，应采用搅拌龙式搅拌机、移动式搅拌机等轻型搅拌机。在搅拌机中有氧气装置，因为如果污泥堆肥采用强力型，会使材料致密，水分在搅拌过程中更难丢失，导致发酵时间延长；使用柔性型搅拌机，轻松翻转材料，加速发酵和水分流失，缩短发酵时间。因此，在选择搅拌机时，应综合考虑生产厂的生产规模、当地气候特点、原材料特点、场地和环境要求等因素，并考虑辅助设施的投资成本，是否造成二次污染（特别是气味控制），以满足堆肥发酵的要求，满足生产工艺的操作要求。无论是自行式搅拌机还是一台多槽机，搅拌机都会更加灵活。